Diese Methode der Bildgebung kann sehr empfindlich früheste Veränderungen der Gelenke und Knochen darstellen. Der Vorteil ist, dass keine Strahlenbelastung vorliegt. Allerdings ist die „Röhre“ für diese Untersuchung relativ eng, und die Untersuchungszeiten liegen meist bei 20-30 Minuten, so dass Patienten mit Platzangst nur unter entsprechender Medikation eine MRT erhalten dürfen. Auch bei Metallimplantaten oder Schrittmachern ist eine MRT nicht möglich, da das MRT von einem starken Magnetfeld umgeben ist. Bei der Untersuchung mancher Gelenke ist die Gabe eines Kontrastmittels erforderlich. Besonders gut geeignet ist die MRT für die Frühdiagnose von Spondyloarthritiden (Wirbelsäule, Iliosakralgelenke).